En «El pequeño ninja, el origen», vamos a Dinamarca y el interés de Alex por las misiones ninja empieza a desvanecerse. Prefiere pasar el tiempo con sus amigos, y Ninja a Cuadros se siente ignorado y está deseando embarcarse en una nueva misión. Como resultado, Alex, sin querer, termina teniendo un conflicto con Marco, el novio travieso de Jessica, su exnovia. Marco y sus amigos responden incendiando el cobertizo del jardín. Alex se ve envuelto en un conflicto que no ha buscado y el Ninja a Cuadros lo presiona para que se defienda. Los problemas no disminuyen cuando Alex se hace amigo de Emily, la nueva chica de la clase. Jessica sigue enamorada de Alex, y al mismo tiempo, está extremadamente celosa. Además, tenemos al padrastro de Alex, John, quien intenta tomarse su rol de padre demasiado al pie de la letra, según Alex, y, al final, Alex se siente presionado por todos lados. Pero resulta que la amenaza contra él tiene su origen en algo totalmente distinto.